La severa selezione delle opere da esporre, in attesa del restauro dell'intero piano nobile del palazzo, consente di offrire una generale e significativa campionatura del ricco e vario patrimonio di pittura, scultura e arti decorative siciliane dal XII al XIX secolo, cui fanno da cornice le imponenti sale del palazzo, la cui origine tardo quattrocentesca e riscontrabile nella preziosa trifora gotico catalana del prospetto.
Ancora nella Sala dei fondi oro (sala II) sono esposte opere dal XIV al XV secolo che evidenziano il percorso intrapreso dall'arte siciliana dalle influenze toscane sino a quelle spagnole. I prodotti artistici d'importazione pisana del Trecento furono un grande stimolo per le acquisizioni culturali utili alla produzione degli artisti locali: tra le prime si ricordano il trittico con la Madonna il Bambino e Sant'Anna di lacopo De Michele detto il Gera da Pisa e il Ruolo dei Confrati - defunti di Antonio Veneziano (1388), tra le seconde il trittico del Maestro delle Incoronazioni e la tavoletta cuspidata raffigurante Abramo e i tre Angeli dello stesso artista, dei primi anni del XV secolo.
Nella Sala Mario di Laurito e delle vedute della Città (sala X) sono visibili numerose opere del pittore napoletano della prima meta del Cinquecento, tra cui alcune tele smembrate dal soffitto dipinto del 1536 gia della chiesa dell'Annunziata (sala XI), distrutta nell'ultima guerra, di cui si propone la ricostruzione in pannelli fotografici. Dello stesso artista è la tavola raffigurante Palermo risparmiata dalla peste, commissionata dal Senato di Palermo nel 1530 per la chiesa di Santa Venera e in deposito al Museo dalla Compagnia della Pace. L'opera offre un'interessante veduta di Palermo, ove non manca la Cattedrale, e dei suoi Santi protettori.
Ancora un'importante opera che ricorda un'altra miracolosa liberazione dalla peste e quella raffigurante Santa Rosalia che intercede per Palermo, città che appare con il suo porto, dominata dal Monte Pellegrino, opera di Vincenzo La Barbera del 1624 (sala X).
Tra i dipinti seicenteschi della Sala XII sono quelli di Pietro Novelli e della sua scuola, determinanti per lo sviluppo della cultura artistica palermitana di quel periodo, tra cui una splendida Pietà (1646 circa). Vi sono anche opere provenienti dall' oratorio di Santo Stefano, tra cui il Martirio di Santo Stefano del genovese Bernardo Castello (1619).
Nella Sala del Settecento (sala XIII), infine, completando la varietà dei materiali selezionati per l'attuale percorso del Museo, sono in mostra due teste in stucco di Giacomo Serpotta, già appartenute alle sculture allegoriche della Clemenza e della Fede dell' Oratorio del Miserenimi in San Matteo (1728), sculture in ceroplastica, come il Cristo deposto di Anna Fortino, allieva di Rosalia Novelli (prima metà del XVIII secolo), dipinti del Settecento, tra cui una tela di Vito D'Anna, il maggior pittore della prima metà del '700 a Palermo, che raffigura Santa Rosalia, cui è dedicato anche un commovente ritratto del napoletano Nicola Malinconico seguace di Luca Giordano.
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Il percorso
cronologico delle opere del Museo inizia nella Sala dei fondi oro (sala II) con
le opere di età normanna e sveva, tra le quali il mosaico con la Madonna
Orante (XII secolo), la tavola della Madonna della perla, già nella
distrutta Chiesa del Cancelliere (1171), e quella della Madonna della Spersa
(XIII secolo), cosi detta perche' la sua festa cadeva nella Domenica
dell'ottava dell'Epifania, quando la Madonna perse Gesù, intento a parlare con i
dottori nel tempio. La tavoletta con i Santi Oliva, Elia, Venera e Rosalia,
tradizionalmente ritenuta del XIII secolo, reca una cornice lignea della
fine del XVII e inizi del XVIII secolo con medaglioni d'avorio raffiguranti
scene della vita di Santa Rosalia, la nuova Patrona di Palermo. Pregevoli,
inoltre, della stessa epoca, l'Epistolario della seconda metà del XII
secolo e il diploma esposto con il sigillo dell'imperatore Federico II (sala III).
Tra le
opere del Quattrocento sono esposti dipinti di pittori locali come Matteo De
Peruchio, autore di un Incoronazione della Vergine proveniente
dall'oratorio di S. Alberto (1422, sala II), e Pietro Ruzzolone (Sala della
Trifora, III), e altre di scultori immigrati come Domenico Gagini, Pietro de
Bonitate e Francesco Laurana (sala VII), che mostrano il travaglio politico e culturale che Palermo subì
allontanandosi dalla cultura toscana del secolo precedente, passando dagli
influssi spagnoli voluti dalla dominazione vicereale a quelli rinascimentali
italiani. Numerose sono le sculture provenienti dalla tribuna marmorea della
Cattedrale di Antonello Gagini e aiuti (dal 1507), smembrata nella
ristrutturazione della chiesa progettata da Ferdinando Fuga. Nella Sala della
Tribuna (sala VIII, tra i brani scultorei sono le cornici del grande complesso,
caratterizzate dal repertorio decorativo, ricco di candelabre, grottesche,
figure mostruose e di animali, tipico degli inizi del Cinquecento. Vengono
affiancati a queste opere pannelli didattici con immagini che la presentano
ancora in loco e ricostruzioni grafiche, nonché la riproduzione in scala
in gesso dell'apparato scultoreo (scala 1:10), realizzata dagli studenti
dell'Accademia di Belle Arti di Palermo. 
Posteriori
dipinti di artisti immigrati testimoniano ulteriori rapporti culturali tra
l'isola e la penisola, quali quelli di Vincenzo da Pavia (sala III) e Simone de
Wobreck, di cui si espone tra l'altro il dipinto raffigurante Palermo
liberata dalla peste del 1576, che presenta ancora una volta un'interessante
veduta di Palermo dell'epoca con il Palazzo Reale, la Cattedrale e il Palazzo
Arcivescovile con la trifora, oggi, dopo il recente restauro, assurta a
simbolo suo e del Museo Diocesano (sala X). 
Legata alla
cultura spagnoleggiante della classe dominante è la cinquecentesca scultura
lignea policroma della Madonna di Monserrato, posta insieme ad altre
opere dell'ultimo quarto del XVI e degli inizi del XVII secolo (sala XI). Tra
queste vi sono tele dello Zoppo di Gangi, di Giuseppe Albina e di Pietro d'Asaro
che segnano il passaggio della pittura in Sicilia dal tardo-manierismo al
caravaggismo.
Affianca
l'esposizione dei dipinti quella delle suppellettili liturgiche d'argento e dei
paramenti sacri, per lo più dovuti a maestranze palermitane, ma non mancano
opere in corallo della maestranza trapanese tra cui un prezioso ostensorio.